商鞅扫荡了世袭卿大夫家族，取缔他们的封邑，改建郡县。这些被扫荡被取缔的人，在秦孝公死后开始反攻倒算，积极揭发检举商鞅的“造反”行径：
　　
　　“商鞅乃是魏国派来的卧底特务，野心家、阴谋家，妄图一举颠覆秦国伟大政权，证据十二分确凿，不信抓来审问。”
　　
　　秦惠文君说：“好，请逮捕商鞅，调查取证！”商鞅听到风声，赶紧撒腿逃出咸阳，一直跑到边境地区，准备住旅馆，正赶上当地搞严打，非要拿出身份证登记不可，否则不让住宿。旅馆经理讲：“没有身份证，不许入住，这是上边要求的！上边要求了，如今社会治安形式非常严峻，扫黄打非，必须常抓不懈！”
　　
　　晚风寒冷地肆虐起来，商鞅急了：“英雄啊！你放我进去住吧！”
　　
　　“放过你？给我一个放你的理由先！”
　　
　　“我的身份证丢了耶！”
　　
　　“不交验身份证，出了重大刑事案件，旅馆经理要连坐！这是商鞅法令要求的。商君虽然现在被通缉捉拿了，但是他的法没有变啊！”
　　
　　商鞅欲哭无泪，搬起石头砸自己的脚。又不敢交身份证，怕被发现身份而遭捉拿。他只好在马车里睡觉，露宿野外，也没法洗澡了。（“作法自毙”就是从这里来的。秦国的法律执行力度也真是强啊，在边辟的野外都能做到这么严格，执行不走样。这样的政府效能在当今时代也是楷模啊）。
　　
　　好不容易逃出边境，商鞅来到他攻打过的河西之地，对着东边的魏国要塞喊：“喂——，听着，我是商鞅，秦国的商鞅，也是魏国的商鞅啊——。喂！——他们说我是你们的特务，现在我没处去了，不管是不是你们的特务，放我进去吧！我只好找你们啦——”
　　
　　魏国人紧张了，赶紧报告领导，领导一想，商鞅没少杀我边防军民，还诱惑我边民叛国逃跑入秦，是我们的仇人啊。于是上城喊：“商鞅——不好意思啊，我们这个小庙，装不了你这大神啊！——您还是另想办法吧！抱歉啦！”
　　
　　商鞅走投无路，只好折向南，回到自己的封地——商於地区。商鞅在自己的老窝蹲了几天，风声越来越紧，秦惠文君没有饶他的意思。长夜漫漫无心睡眠，第二天，眼圈青肿的商鞅召集私人武装说：“咱们造反吧！”
　　
　　从前的功名全不要了，商鞅的造反军矛头指向中央，向北攻打到了陕西华县。但是这时候的封地军队，已经与从前的春秋时代不能同日而语，君王为了专制化的需要，限制地方封邑上的私人武装，已不可能发展出什么职业化的战斗力。秦国政府军从咸阳出发，以其正义之师、威武之师、拿提成之师，与华县守军合兵一处，迅速把商鞅击得粉碎，五花大绑捉回咸阳复命。
　　
　　公元前338年的这一天，商鞅被绑到了咸阳市农贸市场，这是一个卖菜、杀人及教育群众的地方（叫做“市”）。围观者水泄不通，有惊讶的，有哀伤的，有快意的，有麻木的。商鞅闭着眼，在被五马分尸前的那一刻，他睁开眼，望着咸阳上空的白云，他这一生中最值的怀念的时光，是什么呢？不是出将入相时的威风，不是二十二年为秦国绘制改革蓝图的呕心沥血，而是从前年轻的他，在魏国公叔痤相府里，留着小黑胡子，以一介布衣的身份，整日和其他门客们投壶斗棋、煮酒谈天，那一段好悠闲的时光啊！
　　
　　一半是雍容的雪，一半是奔腾的江。来不及想得太多，在秋风宕荡的午后，死神驾着五辆马车，绕过千千万万的小路，找到了咸阳市上的商鞅，拉起了他，把这个离家太远的游子，带走到更远更加无穷的地方。