全力推进军事斗争准备。根据党中央、中央军委的决策，坚持以军事斗争准备为“龙头”，研究制定军事斗争准备规划，抓紧各项工作的落实。配合政治、外交斗争，参与筹划、指挥、协调了一系列重大军事行动，多次亲临一线视察指导各军区、军兵种的联合作战演习，指导部队深入开展了对未来作战重点、难点问题的攻关和研究。紧紧抓住国防科研特别是高新技术武器装备这个关键，指导有关部门加强总体设计和宏观筹划，随时掌握科研生产重大项目的进展情况，多次深入有关省、市科研生产一线检查指导工作。他要求科研、生产战线和有关部门，发扬“两弹一星”精神，立下军令状，实行“倒计时”，确保按时间节点，高标准、高质量完成任务。强调要以人才培养为根本，采取超常措施，加速培养和造就大批适应未来军事斗争需要的新型军事人才。要以“科学、求实、练为战”为指导，推动科技练兵健康深入发展。根据新时期军事战略方针的要求，1993年，指导广州、济南军区和海、空军组织了登陆作战、城市攻坚、山地进攻和空降作战的四种训练纲目试点。指导沈阳军区组织了兵种部队先训后补、先训后用的训练体制改革试点。在北京军区组织了电子对抗训练改革试点。1994年，指导济南军区研究探索了高技术条件下夜间作战与训练问题，推动了全军夜训的发展和夜战战法研究的深入。之后，很快又指导全军训练改革由战术层次跃升到战役层次。指导海军、空军分别组织了建国以来最大规模的海上封锁作战演习和空中进攻战役演习，以及主要方向集团军登陆作战演习。

　　

　　研究制定军队发展战略和建设规划。1995年初，张万年担任军队建设“九五”计划起草领导小组组长，组成专门班子，开展研究论证工作。根据党中央、中央军委的战略意图，依据新时期军事战略方针，分析国际形势和我国安全环境，以及国家经济、科技的可能发展，研究提出了“九五”至二十一世纪初（2010年前）军队建设的奋斗目标、指导思想、主要任务及其措施。根据党中央的决策，提出了裁减军队员额五十万、调整体制编制的设想和方案，提出了加强国防科研，加速发展先进武器装备，以及加强重点部队建设的主要措施。同年12月，军委扩大会议讨论通过了总参谋部拟制的“九五”计划，成为指导军队建设发展的重要依据。着眼于优化结构、精简机构、理顺关系、提高效能，不断推进体制编制调整改革。积极建议加强武器装备建设的集中统一领导，提高武器装备建设的质量和效益；实行三军联勤，建立和完善军民兼容、平战结合、三军一体的后勤保障体系；改革陆军结构模式，试行军-旅-营体制；建立士官制度，加强专业技术骨干队伍建设；压缩院校规模，优化院校结构，改革院校教育，提高办学质量和效益。“九五”末，指导有关部门加强军队建设和武器装备发展战略研究，研究制定了军队建设“十五”计划和2010年前发展规划。

　　

　　指导香港、澳门驻军。1992年11月，张万年担任香港驻军筹备工作领导小组组长，认真贯彻党中央、中央军委关于香港驻军的一系列方针原则，组织指导了香港防务交接谈判、驻港部队组建、驻港部队工程建设和香港驻军法律准备等工作。指导有关部门提出了驻港部队的组织结构、领导指挥关系、建设目标和建设标准，检查了解驻港部队建设和工程进展情况，及时解决了存在的矛盾和问题。1997年7月1日，陪同江主席等中央领导同志参加了中英两国香港政权交接仪式。运用香港驻军准备工作经验，指导了澳门驻军准备工作，按时完成了驻澳部队组建和配套工程建设。1999年12月19日，代表中央军委到珠海欢送驻澳部队进驻澳门。20日，驻澳部队正式履行澳门防务。

　　

　　参与指挥“九八”抗洪斗争。1998年夏，长江、嫩江、松花江流域发生了新中国成立以来最大的洪涝灾害，人民生命财产受到极大威胁。为夺取抗洪斗争的胜利，张万年坚决贯彻党中央、江主席的决策，及时了解掌握全国汛情发展变化，指导部队做好突击抢险准备。根据汛情发展和部队实际，适时提出合理的用兵部署和建议，积极协助江主席指挥和调动部队，在关键时刻，充分发挥了部队的骨干突击作用。8月13日至14日，在长江最大的第五次洪峰到来之前，他陪同江主席来到湖北荆江大堤、沙市险段和武汉龙王庙险段视察抗洪部队，进行决战动员，指导抗洪部队坚决响应江主席的号召，严防死守，决战决胜，夺取抗洪斗争的彻底胜利。

　　

　　探索新形势下治军的特点和规律。1993年11月，邓小平同志在一次听取工作汇报前称他：“你是一个带兵的人”。在军委十年间，张万年紧紧围绕“打得赢、不变质”两大历史性课题，带头深入研究高技术局部战争的特点和规律，深入研究高技术条件下人民战争思想的发展与运用，深入研究发展社会主义市场经济和对外开放条件下军队建设遇到的新情况、新问题，探索科学的治军和带兵之道，并要求部队提出看法、拿出办法、改进工作、狠抓落实。坚决贯彻党中央、江主席关于军队和武警部队“不经商”的战略决策，部署和指导了军队企业撤销、移交等工作。积极推进后勤社会化保障改革，推动与广大官兵利益密切相关的政策制度调整改革，解决了一些影响和制约军队发展的深层次矛盾和问题。在抓机关与抓基层的辨证关系上，他强调要坚持“两手抓”，一手抓机关，一手抓基层。抓机关，强自身，为基层当好表率；抓基层，促机关，检验和推动机关建设。2001年、2002年，他先后两次在四总部机关领导干部会议上，对全面加强四总部机关建设提出明确要求，起到了积极的指导作用。在指导部队领导班子建设时，张万年反复强调：“部队好不好，关键在领导；班子行不行，就看前两名”。他十分看重干部的人格、气节和品德修养，常说：“人一辈子，职务有高有低，能力有大有小，但只要有个好德行，无论干什么，一辈子都高尚。”

　　

　　张万年无论走到哪里，都要反复强调知兵、爱兵、以情带兵。每到一地，都要亲切地看望战士，了解战士疾苦，与战士促膝谈心，发现带兵典型，总结和推广带兵经验。他亲自调查研究，总结出新时期部队战士的十一个新特点，并有针对性地提出了加强“两个经常”工作的措施和办法。1996年11月，他到山西视察部队时，得知沈阳军区一名战士因连队干部方法简单粗暴，跑到五台山出家当了和尚。他非常焦急、心疼，冒雪来到五台山，亲自看望这名战士，动员这名战士下山。并当即责成总部有关部门，迅速查明实情，严肃处理有关责任人，妥善解决了这名战士的就医和安置问题，在军地引起了很大反响。张万年一贯重视、关心老干部，特别是生活有困难的遗属。在总参时，还专门拿出经费帮助老干部解决困难。即使是素不相识，也一样认真对待。1996年10月，吉林省九台市实验小学教师赵淑艳，写信给张万年，反映其父是抗美援朝伤残军人，父母早已去世，剩下她带着两个弟弟，相依为命，生活艰难，请求将两个弟弟送到部队。张万年看到来信后，立即让吉林省军区领导查实情况，妥善处理。后来，她的两个弟弟如愿穿上了军装，并一直得到部队的关心和照顾。赵淑艳和她的弟弟感激不已，一再致信感谢。此外，六十三集团军已故“英雄团长”傅卫的后代，南京军区优秀典型、三十六师已故装备部长张永平同志的家属，以及福建厦门“好军嫂”姜君英等同志遇到的实际困难和问题，在张万年的亲切关心和帮助下，都一一得到了及时妥善的解决。

　　

　　2002年11月，张万年出席中国共产党第十六届全国代表大会。15日，在江泽民同志主持召开的军委新老同志交接会上，张万年发表了简短、诚挚的讲话。他坚决拥护党中央关于新一届军委组成人员的决定，高度赞扬了江主席主持中央和军委工作所作出的历史性贡献，坚信在以胡锦涛为总书记的党中央领导下，国家和军队的发展必将取得更大的胜利。他在回顾军委十年的历程和感受后，满怀深情地说：“作为一个老兵，可以说，近六十年的军队戎马生涯，今天就画上一个句号了。回首充满激情的岁月，我胸中仍然充满豪情。在此，我还要用四句老话自勉：‘上不愧党、下不愧兵，鞠躬尽瘁、死而后已’！我退下来了，仍将终生努力践行。”(《龙口将军》)