史可法身披铠甲，手持宝剑，亲自和刘肇基在城墙上指挥，才百姓也都组织起来，青壮年男子登城站岗，老年人和妇女烧水煮饭，扬州城的军民决心与敌人血战一场。

　　清军统帅多铎很敬重史可法的为人，好几次写信劝他投降，史可法连信封也不打开，就扔到了一边。多铎见劝降没用，就下令用大炮猛轰扬州城，城内军民伤亡很大。

　　总兵刘肇基向史可法献策说：“城内地高，城外地低，可以决开淮河，将水灌入敌军阵地，不怕敌人不退。”史可法觉得这个法虽然可能制服敌军，但是也会伤害老百姓，就说：“那样办，敌人未必能全军覆没，淮南一带的百姓可要遭殃了，我怎么忍心呢？”

　　清军加紧了攻势，城中军民尽管顽强抵抗，无奈力量悬殊，又孤立无援，史可法知道事情不会有转机了，就下决心与扬州城共存亡。他写信给母亲和妻子，表示自己要以身殉国，又叮嘱部将史德威说：“我死之后，请把我埋在太祖皇帝墓侧。如果实在不行，就把我埋在扬州城外梅花岭吧！”

　　到了第七天，城西北角“轰”地一声，像地裂山崩一样，城墙被炮火轰塌了。清军从城墙缺口像潮水般涌进城里。将士们跟清军短兵相接，在街巷里展开了肉搏战。他们坚持到最后，没有一个人投降。全部壮烈牺牲，刘肇基也在巷战中被杀。史可法被清军俘获了。

　　清兵抓到史可法，不敢怠慢，马上把他拥上城楼，去见多铎。多铎一见是史可法，就快步上前行礼，很客气地说：“我再三拜请，都被先生叱回。今天先生对旧朝忠义已尽，就请替我大清收拾江南，不愁没有厚报。”史可法声色俱厉地说：“我是大明朝的重臣，岂能苟且偷生，作万世罪人！头可断！身不可屈！”多铎把脸一沉，说：“既是忠臣，本帅就满足你的心愿吧！”史可法微微一笑，说：“即使碎尸万段，我也甘心情愿。只有一件事相求，扬州城的百姓，请千万不要杀害。”说罢，他昂首下城，从容就义了。

　　多铎没有听史可法的话，对城中百姓进行了疯狂的屠杀，十天之内，就杀死了八十万人。城内尸积如山，血流成河，昔日繁华的扬州城几乎变成一座死城。这就是历史上有名的“扬州十日。”

　　史可法死后，福王政权失去了唯一一个有能力、有威望的大臣。从此，各路兵马或降清，或拥兵观望，或撤军南逃。清军势如破竹，长驱直下，很快逼近了南京城。

　　福王下令把所有的城门都紧紧关上，然后招来梨园子弟，同他们肩并肩地坐在一起，饮酒唱戏取乐，一直闹到深夜。到了二更时分，福王一挥手，遣散了梨园子弟，独自带着十几个贴身太监，从南京通济门逃走了。马士英趁火打劫，指使他的儿子抢了老百姓许多财物，也逃之夭夭。第二天，清军开到了南京城下，大臣赵之龙、钱谦益等人跪地献城，清军顺利地占领了南京，福王逃出不远，被清军抓住；马士英也投降了清朝。他们两个人后来都被杀死。维持不到一年的福王政权灭亡了。

　　在这以后，南方各地又出现了江浙地区的鲁王政权、福建地区的唐王政权、云贵地区的桂王政权等。历史上把这些政权（包括福王政权）统称为“南明”。南明在汉族人民中有一定的号召力，但是都抵挡不住清军，不久都相继灭亡了。