变法开始后，光绪皇帝想以开设懋勤殿（皇帝读书、研究学问的地方）的名义，选用一批精明强干的维新人士当顾问官。他要维新派骨干谭嗣同为他起草诏书，还把前几代皇帝的遗训也给了谭嗣同，说康熙、乾隆、咸丰三朝都曾经开设过懋勤殿，要他写进诏书中。光绪帝其实是想亲自拿着诏书到颐和园向西太后请示，为自己变法增加一点理由。第二天京城的官员几乎都知道要开设懋勤殿的事了，以为诏书就要下达了，然而诏书终究没下达，这是因为慈禧太后作了干预。于是，大家都知道西太后与光绪帝的矛盾已经难以调和了。
    在这件事发生以前，西太后为了削弱光绪帝的势力，找了个借口把他的老师翁同龢赶回老家，光绪帝没有能力阻止。现在光绪帝更感到情况不妙，他秘密召见了维新派官员杨锐，特地写了密诏，要求康有为、梁启超等人设法阻止这种趋势。他将密诏交给杨锐藏在衣带里带出宫。
    杨锐出宫后，遵照光绪帝的旨意，把诏书给康有为、谭嗣同、林旭、刘光第看。诏书上写着这样的话：“现在，朕当皇帝的地位几乎也要保不住了”“你们几个以及维新派的同志，要赶快设法救朕啊”。他们几人捧着诏书失声痛哭。可是手中没有一点权，能做什么呢？这个时候，他们想到了袁世凯。
    袁世凯是河南项城人。年轻时他两次参加县试，都没考中，于是他投靠叔父的把兄弟、淮军提督吴长庆，很快得到李鸿章的赏识，步步高升，当上了驻朝鲜通商大臣。公元１８９４年，中日甲午战争爆发前夕，他见形势不好，要求调回国。回国后，他把自己装扮成支持变法的人，常常对人说一些中国和外国的事情，他还在荣禄的同意下参加康有为组织的强学会，一些不知底细的维新派居然对他很有好感。
    甲午战争之后，清廷想要训练一支新式陆军，袁世凯走了许多门路，终于在公元１８９５年获得清廷的委派，到天津附近的小站训练新式陆军，成为直隶总督荣禄的亲信。以后这支陆军成为清军中很有实力的军队，袁世凯的地位也渐渐高起来。
    康有为等五人商量了很久，觉得唯一的希望只有动用袁世凯的力量了。谭嗣同秘密地向光绪皇帝提出，请求皇上用优厚的待遇联络袁世凯，希望在情况紧急的时候可以靠袁世凯救助皇上，他说得十分恳切。公元１８９８年９月１６日，光绪帝召见袁世凯，袁世凯当面向皇上表示支持维新变法。光绪帝很高兴，特地赏给他侍郎的官职。第二天光绪帝又召见他，袁世凯表示一定忠于皇上，报答皇上的恩情。
    第三天，谭嗣同直接来到袁世凯居住的法华寺。他问袁世凯：“你认为我们的皇上怎么样？”
    袁世凯感慨地说：“是一代少有的好皇帝啊！”
    谭嗣同紧急着问：“那么西太后他们准备在天津阅兵的时候，逼迫皇上退位的阴谋，你知道吗？”
    袁世凯说：“是的，我听到过一些。”
    谭嗣同就拿出光绪帝的密诏给袁世凯看，然后说：“现在能够救皇上的，只有你了。”他的话语变得激烈了，用手在自己的头颈比划着说：“要是你没有救皇上的打算，那么就请你到颐和园向西太后告发吧，再把我杀了！这样，你肯定能够荣华富贵。”
    袁世凯脸色变得严肃，严厉地说：“你把我看成什么人了？皇上是我们共同侍候的主子，我和你都受到皇上不一般的恩情，救护皇上的责任，不只是你的，我也有啊！假如你有什么好的主意，我倒是非常愿意听的。”
    谭嗣同听后很满意，说：“荣禄的密谋，全押在天津阅兵这一举措上。你和董福祥、聂士成三支军队都受荣禄指挥，他要靠这三支军队来逼皇上退位。即使这样，董福祥、聂士成的兵力是不能跟你相比的，要论实力，只有你了。要是事变发生，你完全对付得了他们两支军队。保护皇上恢复大权，清除太后身边的反对维新的大臣，整顿朝廷的秩序，这些事，你也完全可以做到从容不迫，这可是你一世无比荣耀的功业啊！”
    袁世凯说：“要是皇上在阅兵的时候，能够看准机会迅速地进入我的军营，下令杀奸臣，那么我一定跟着你们干下去！”
    谭嗣同说：“不过，荣禄待你一向不错。你怎么对待他呢？”
    袁世凯笑了笑说：“他对我不是真心的，你没听说过‘汉人是不可以给以兵权’的说法吗？”
    谭嗣同说：“是啊，不过他可不是一般的人啊，你要对付他，可不容易。”
    袁世凯愤怒地瞪大眼睛：“要是皇上在我的军队中，我杀荣禄就像杀一条狗一样容易！”
    他们商量了好久，谭嗣同才放心地走了。
    但是，谭嗣同走后，袁世凯立刻就向荣禄告密。荣禄连夜进北京，跑到颐和园去见西太后。第二天，也就是９月２１日清晨，西太后和荣禄等发动政变。他们把光绪帝囚禁在中南海瀛台，然后又用光绪帝的名义发布请求西太后垂帘听政的诏书，这就是历史上所称的“戊戌政变”。紧急着，西太后下令搜捕维新派，废除变法法令。康有为、梁启超因为事先得到消息，逃到国外。谭嗣同不愿逃走，他说：“要是变法一定要流血的话，那么就从我开始吧！”
    ９月２８日，谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、康广仁、杨深秀六人在北京菜市口被杀，用鲜血浇洒在变法维新的道路上。他们就是历史上有名的“戊戌六君子”。其他的维新派和大批参与戊戌变法，以及倾向变法的官员，纷纷被罢官，被流放。新政措施除了京师大学堂被保留外，其余全部取消。戊戌变法彻底失败，离变法开始只有一百天，所以这次变法，又叫“百日维新”。