大多数古人对于流行病认识，是很难从科学的角度作出判断的。他们往往把疫情的发生归结为由于不顺应天道而造成的天对人的惩罚。　　

　　先秦时期，传说帝颛顼有三子，生而亡去为鬼，其中一个居江水是为瘟鬼。为此，人们每于疾疫发生时，作法以驱除疫鬼。《周礼·夏官》中所提到的方相氏四狂夫即是专门的驱疫鬼者。此四人身披熊皮，头带面具，执戈扬盾，帅百隶逐室殴疫，此即后世傩戏的由来。除此以外，历代流行的设醮、纸船送瘟神等民俗，也都是驱疫鬼的具体形式，甚至连端午节的龙舟竞渡也与驱疫鬼有关。　　

　　医学的发展让人们的这种观念渐渐淡薄下来。人们逐渐认识到疾疫发生与公共卫生之间的关系，从而开始重视公共卫生事业。如南宋真德秀在泉州任职期间，鉴于泉州城内水沟湮阏岁久，“淤泥恶水，停蓄弗流，春秋之交，蒸为疠疫”，乃作《开沟告诸庙祝文》，兴工清理沟渠。又如吴芾于乾道二年(1166年)知隆兴府，当地“旧有豫章沟，比久湮塞，民病途潦。公曰：‘沟洫不通，气郁不泄，疫疠所由生也。’亟命疏浚，民得爽垲以居。”(《朱文公文集》卷88《吴公神道碑》)　　

　　一旦出现疫情，对病人采取什么手段呢？许多典籍表明，是隔离。这很容易让人想起2003年全国的非典疫情，当时使用频率最高的词汇就是“隔离”了。可见，这种让人颇不愉快的方法实属无奈——自古有之，而且，除此之外，再无更好的方法。关于隔离观察治疗的最早记载见于《汉书·平帝纪》：“元始二年，旱蝗，民疾疫者，舍空邸第，为置医药。”而到了南北朝时期，则已成为制度。萧齐时，太子长懋等人曾设立了专门的病人隔离机构——六疾馆，以隔离收治患病之人(《南朝齐会要·民政》)。　　

　　然而，隔离这一方法的推行并非一帆风顺，在相当长的时间内，甚至遭到极大的反对。　　

　　晋时就有记载说当朝臣家染上时疫，只要有三人以上被感染时，即使没有被染上的人，在百日之内也不得入宫。这种有效的隔离方法却被当时人讥讽为行为“不仁”。到了清代，江南文献中还有不少弘扬在时疫流行、人人自危时能坚持照看病人的记载。　　

　　这种观念根深蒂固，疫情出现以后，很少有人自觉地采取隔离措施。所以，尽管古人对防疫做了很多努力，其效果还是不明显。每次疫情死亡的人数并没有随着医学的进步而有所减少。　　

　　一旦出现疫死者，尸体作为主要传染源，该作何处理呢？据《周礼》所载，从先秦时期开始，就有了处理无主尸体的做法。此后，凡遇大疫，官府一般都有掩埋死者尸体的做法。如南朝梁武帝时，郢城大疫，全城十余万口，“死者十七八”。朝廷遂命给死者赐棺器盛殓，以防止疾疫传染(《南史·梁武帝纪》)。这方面仍以宋朝处理得较好。在宋代，官方每于灾害过后招募僧人掩埋尸体，以度牒为奖励。如嘉定元年(1208年)，江淮一带大疫，官府遂招募志愿者，凡掩埋尸体达200人者则给度牒一道作为奖励(《宋史·五行志》)。此外，从北宋末年开始，各地普遍设立漏泽园制度，以掩埋因贫困无以安葬的无主尸体。宋代以后，各地均效仿这一制度，普遍建立漏泽园，从而减少了由尸体繁殖传染病毒细菌的机会。　　

　　至于治疗疾疫的药物，除了专业医书所载的药方之外，散见于古代文集笔记之中的验方、偏方尚有不少，其中不少药方值得后人认真总结和继承。如苏轼在《与王敏仲书》中提到治疗瘴疫方为：“用姜、葱、豉三物，浓煮热呷，无不效者。”《宋史·外国·吐蕃》中提到北宋景德三年(1006年)，六谷吐蕃的铎督部族发生疾疫，宋廷提供的治疫药物为白龙脑、犀角、硫磺、安息香、白石英等76种。沈括《梦溪笔谈》中记载的一则事例，所用治疫药物为柏叶，颇有神奇之效。《靖康纪闻》中记载的治疫药方为黑豆汤，其方为：“黑豆二钱(令炒香熟)、甘草二寸(炒黄色)，二味以水二煎一盏，时时服之自愈。”元人笔记《辍耕录》中记载：元朝初年时，元军发生疾疫，以大黄疗治，所活近万人，效果亦极显著。