虽立此平国大功，侯君集仍不免犯下前辈平灭西域将领的过错——私取宝物。他属下战胜的将士得悉总管大拿高昌宝物，也纷纷效仿，竞相来盗窃。侯君集上梁不正，也不敢阻挡，怕他们把自己也连带告出来，以致于高昌一国宝物被掠一空。

　　大军回京，御史们早把弹劾奏章报上，功劳再大，赏罚应分，迎接侯君集的不是红地毯和凯旋乐曲，而是国家大狱。

　　还是中书侍郎岑文本有远见，认为功臣大将不能轻加屈辱，上书列举汉朝李广利、陈汤、晋朝王浚以及隋朝韩擒虎等大将事迹，并以黄石公兵法内容作为补充——“《军势》一书中讲，使智、使勇、使贪、使愚。故智者乐立其功，勇者好行其志，贪者邀趋其利，愚者不计其死，希望太宗以帝王之德，含弘为美，弃人之短，收人之长，使侯君集能悔过报效。”奏上，太宗很觉有理，下诏把侯君集放出。

　　侯君集立此殊勋，回京就被关进大狱，虽然日后放出，仍然终日怏怏不快。

　　贞观十七年，多年一起共事的老哥们张亮出任洛州地方官，与侯君集道别，侯君集乘机激怒他说：“怎么，被排挤出京城了？”张亮不乐，答道：“当然是你背后排挤我，还能怨别人吗？”

　　侯君集闻言，激起心中积恨：“我功平一国，回来就被天子谴怒，哪还有机会背后挤兑你！这种日子我过不下去了，你敢造反吗？我和你一起反了吧！”

　　张亮为人外忠内诈，一转身就把侯君集的话密告太宗。李世民毕竟大度君王，对张亮说：“你和侯君集都是我唐朝功臣，刚才的话只有你和他两个人知道，如果审验成狱，你们都不会承认有谋反之语。”太宗就把此事压下，对待侯君集如初，不久命人图侯君集等二十四人像于凌烟阁。

　　当时，李世民的太子李承乾怕被父亲废掉，暗中准备谋反。知道侯君集心怀怨望，太子就通过侯君集的女婿贺兰楚石（当时为东宫属官）与他牵线，两人数次密谋。侯君集深知李承乾气量劣弱不能成大事，但仍想借机旁图，就答应一起干，举手对这位太子说：“此好手，当为殿下用之！”

　　虽如此，毕竟谋反事大，侯君集常常夜中惊醒，一醒就再也睡不着觉，四转叹息。他的妻子很奇怪，劝他说：“您是国家大臣，怎么会这样？如有辜负国家之事，还是自首的好，肯定能保全性命。”侯君集也不应声。

　　不久，太子李承乾谋反事发，供出侯君集。他那作为牵线人的女婿贺兰楚石为了活命，又诣阙上告岳父谋反的实情。对这么一个共事几十年的老功臣，太宗亲自审问，说：“我不欲令刀笔吏辱公，自己亲自问你案情。”侯君集最初还狡辩，但太子、贺兰楚石等人证及书信等等物证俱在，最终辞穷服罪。

　　太宗临朝，对百官讲，侯君集于国家未安之时有大功，我想活其一命。但谋反是封建社会不可饶恕的大罪，群臣争进，都讲：“君集之罪，天地所不容，必诛之以明大法。”

　　无奈，太宗又回到私室，对跪伏于地的侯君集讲：“与公永别了，从今而后，以君之故，我不忍复上凌烟阁！”言毕，皇帝唏嘘泣下，痛哭不止。君集也自投于地，泣不能起。

　　读各类唐朝史书，此情此景，均可感觉唐太宗的真性情感人之处，透过千年烟云，仍可想见李世民身为帝王之尊，当其时也，肯定没有一丝矫饰做作，他一定是回忆起这位勋臣与他自己年青时代的豪情友谊，想起连骑冲杀，攻城掠城的浴血艰难，加之故人病死、被杀无数，至此廖廖，不能不凄然伤情。

　　按刑法，侯君集被斩于四达通衢。这位大将临刑之时，容色不改，对监刑将军说：“君集我怎能真反呢，是蹉跌至此啊！念我为唐家大将破灭二国（高昌国以及与李靖一起灭的吐谷浑），还是有微功可陈。为我对陛下讲一声，留下我一个儿子活着以守祭祀。”（谋反应诛满门）监斩官驰奏，特诏原其妻及一子，徒于岭南。