后来年轻的同治得花柳病不治而亡，立醇亲王奕X的儿子载即位，是为光绪。光绪帝幼时，也喜欢与慈安亲近，仿佛当日的同治帝，慈禧心中渐生不悦。到光绪六年，往东陵致祭，慈安太后因为咸丰帝在日，慈禧尚为妃嫔，不应与自己并列，因此让慈禧退后一点。慈禧不允，几乎争吵起来，转想在皇陵旁争论，很不雅观，且要招亵渎不敬的讥议，不得已忍气吞声，权为退后。回到宫中越想越气，暗想前次杀小安子，都是恭亲王怂恿，东后赞同，这番恐又是他煽动，擒贼先擒王，除了东后，还怕什么奕D？但慈安有咸丰的遗诏，不好下手。

　　

　　先前咸丰帝在热河，临危时，曾密书朱谕一纸，授于慈安，略说：那拉氏若恃子为帝，骄纵不法，卿即可按祖宗家法治之。慈安展开遗诏，里面写着：咨孝贞太后：懿贵妃援母以子贵之义，不得不尊为太后；然其人绝非可倚信者，即不有事，汝亦当专决。彼果安分无过，当始终曲予恩礼；若其失行彰着，汝可召集廷臣，将朕此旨宣示，立即诛死，以杜后患。钦此。后来因慈禧在宫中太过嚣张，慈安曾取密诏给慈禧，令她警诫一二。而慈禧自然恐惧，从此刻意承欢慈安，几于无微不至，这样几年过后，就把慈安迷惑过去，慈安以为她没什么野心。

　　

　　东陵祭后，慈禧处心积虑想消灭这道随时能要她的命的遗旨，却苦于没法可施。这一天慈安后稍有感冒，太医进方没有效，就不再服药，谁知过了数日，竟然不药而愈。慈安后来对慈禧说，服药一点用处也没有。慈禧微笑不语，慈安不觉暗异。忽见慈禧左臂缠着布帛，便问她是什么缘故？慈禧道：前日见太后不适，进参汁时，曾割了臂上的一片肉与药同煎，聊尽心耳。慈安听了这句话，大为感动，她流泪对慈禧说：我不料你竟是如此好人，先皇帝为何怀疑你呢！竟取出咸丰的遗诏，对着慈禧的面用火焚毁。其实正中了慈禧的阴谋。此后慈禧日渐放肆，语多不逊，事事专权，不与慈安协商。慈安开始后悔，然而已经来不及了。但东太后不除，终究是掌权的障碍。

　　

　　光绪二年春夏间，大臣正议事，谈论琉球案子，忽然内廷飞报出来，传慈安暴崩。众人大惊，面面相觑。慈安太后的崩逝，很是一桩异事。为什么是异事呢？慈安太后未崩时，京师忽传慈禧病重，服药无效，诏各省督抚进良医，直督李鸿章、江督刘坤一、鄂督李瀚章等都把有名的医生，保荐进去。慈禧一病数月，慈安单独视朝，临崩这一日，早晨尚召见恭亲王奕D、大学士左宗棠、尚书王文韶、协办大学士李鸿藻等。左宗棠道：这才好好的，朝晨召见军机，慈容和怡，毫无病态，不过两颊微赤罢了。怎么半日工夫，就崩了呢？照着向例，太后有了病，要传御医，必须先传知军机，医方药剂，悉由军机检视，以昭郑重。这会儿太后患病，当军机的，却一点都不知道，也不曾留得用药方案。且距离退朝时候，只有五小时，如何有此暴变？但宫中大事，大家都在揣测，却不能说出来。一进了宫，见东太后已经小殓，西太后坐在矮凳上，态度很是从容，并不像久病形状，群臣依礼叩见。慈禧只淡淡地说道：东太后向没有病，就这几天里，也不曾见有动静，忽遭暴变，真是想不到的事。

　　

　　众大臣不好多嘴，惟有顿首仰慰。忽见一人碰头道：东太后急病，曾否传太医诊治？西太后听了，顿时变色。发话的不是别人，正是左宗棠。众人见西太后变色，都替他捏一把汗。停了半晌，只见太后道：人死不能再生，你等快出去商议后事！左宗棠跪在地上，还想奏问别的话，西太后已经站起身，踱了进去。左宗棠只好偕大臣等出宫，暗想后妃薨逝，照例须传戚属入内瞻视，方才小殓，这回偏不循故例，如今西太后执意不叫去通报东太后的母家钮钴禄氏的族人，大臣们也没有人敢出这个主意，一任那班宫女在那里替东太后草草成殓。只是私下揣测而已。

　　

　　有谣言说西太后前几天病，是装病，并不是真病，东太后不知，特地进宫探问。直走到寝宫，也不见一个人，待走到外套间，只有一个宫女在门帘底下。那宫女见了慈安，脸上不觉露出惊慌的神色来，正要声张时，慈安摇手叫她禁声；自己掀开门帘进去。室中的帷幔一齐垂下，帷子里面传出嗤嗤的笑声。慈安不意掀帘入内，只见慈禧太后正从绣被里坐起来，两腮通红。慈安还当是慈禧发烧，忙走上去按住她说：妹妹脸烧得如此厉害，快别起来。正说着，却见床上还有一人。原来睡在床上的是个戏子。东太后大怒，立把戏子逐出赐死。西太后跪了好半天，东太后心慈脸软，搁不住人情，应允她不追究。不料回宫不久就暴崩了。

　　

　　这事只见于野史，也不是完全没有依据，咸丰死后慈禧正当年轻，耐不住寂寞也是情理之中，晚清时期的宫廷规矩极严，东太后撞见慈禧的不伦之形，慈禧只能下毒手了。又据传说东太后生平最爱吃零食，她不论到什么地方，总有一个宫女捧着点心盒子跟在后边，盒子里面各色糖果糕饼都有。西太后便让宫女将一盒精细的糕点送献与东太后吃。东太后看那糕点有型似八仙的，有型似鹤鹿的，忍不住多吃了几块，不久便毒发而亡。

　　

　　慈安已崩，丧仪极为简单，二十七日后一律除孝，慈禧竟不穿孝服。国母之丧如此简陋，亘古未有。政权从此都由慈禧太后一人专主。对于东太后的死，《清史稿》记载只有一句：六年，太后不豫，上命诸督抚荐医治疾。八年，疾愈。孝贞皇后既崩，太后独当国。古人做史往往笔削春秋，太后独当国这几个字或许暗含有不可言说的意味。