《内经》认为宇宙万物不是杂乱无章的堆积，而是一个步调相应、秩序井然的庞大系统。这个大系统的形成，是由于任何事物无一例外地要受阴阳四时的影响和规范。《内经》认为，一年四时应分为春、夏、长夏、秋、冬五个阶段。世界万物在四时的影响下进行有节律的、周而复始的运动。每一个运动周期明显地分为五个阶段。一切整体事物的内部，必定在结构上分为五个方面，以与运动周期的五个阶段相适应。如就事物的生化过程来看，可分为生、长、化、收、藏，或生、长、壮、老、已五个阶段，而生与春、长与夏、化（壮）与长夏、收（老）与秋、藏（已）与冬分别相应。又如颜色，作为整体可以分为青、赤、黄、白、黑五种。在运动过程中它与四时相应，构成周期循环，即：春季大地呈青色；夏季烈日炎炎呈赤色；长夏万物从化，需要土地的长养，而土为黄色；秋季天高气爽，万木凋落，四野空旷明亮，故显白色；冬季阳光衰弱，夜长昼短，给人以黑色之感。至于人体的变化与四时的更迭，关系就更为密切。《内经》认为春季多肝病，夏季多心病，长夏多脾病，秋季多肺病，冬季多肾病，肝、心、脾、肺、肾作为人体结构的五个重要方面，分别与五季相对应，等等。

　　《内经》以五行的属性来概括人体各部分的联系和人与自然的关系，依据《素问。阴阳应象大论》和《素问。金匮真言论》两篇对五行归类的论述，可择要综合列表如下：自然界人体五味五色五气五方五时五行五脏六腑五官五荣五体五志酸青风东春木肝胆目爪筋怒苦赤暑南夏火心小肠舌面血脉喜甘黄湿中长夏土脾胃口唇肌肉思辛白燥西秋金肺大肠鼻毛皮毛忧咸黑寒北冬水肾三焦膀胱耳发骨骨髓恐从上表所列可以看出，虽然以五行相生相克的循环变化，不可能完全正确地认识和反映客观事物与人体本身的特殊矛盾、运动规律，也难以反映人体脏腑组织的生理功能及其相互联系的复杂关系，势必存在着片面性、表面性、主观臆测和牵强附会的地方。如《素问。阳明脉解》篇就说，由于胃属土，所以当胃生病时，根据木克土的原理，病人一听见木音就会受惊。而按照土生金的原理，病人听见钟鼓之声则没有惊惧的反应。这类解释就令人难以信服，也与临床不符。但《内经》的五行学说，却在当时的历史条件下，在一些方面比较合理地说明了医学领域里许多复杂的基本问题，为构成我国医学理论体系发挥了执简驭繁的积极作用。

　　在《内经》看来，事物都由五个方面构成，在五行系统中，每一行都与其他四行同时发生“生我”和“我生”、“所胜”和“所不胜”四种关系。

　　这表明五行结构整体的每一部分都不是孤立的，而是与其他部分相互关联着的。部分影响着、表现着整体，同时整体又制约着、决定着部分。任何两行之间，总有相生或相胜的关系，因此是不平衡的，处于运动之中。但就每一行来说，都既生他、又被生，既胜他、又被胜，所以在整体上处于动态平衡之中。就五行系统看，生和胜的总数相等，也表现出相对的平衡。这就是说，五行通过正常的生胜，在整体上趋于平衡。这种平衡不是绝对静止，而是建立在运动的基础上。整个中医理论建立于这种在功能和结构的整体系统的把握上，要求在保持生物机体生长发展的动态平衡和自我调节的组织结构中来把握、理解和说明、治疗一切。

　　《内经》以五行观念研究人体，提出了完整的藏象理论。

　　《内经》的藏象理论也主要是指功能整体，并非解剖学意义上的器官实体，尽管与器官实体又有联系。《内经》认为，脏与腑互为表里，五脏是人体最重要的脏器，它是生命活动中重要物质——精、气、血、津液等的贮藏所，具有联系全身其他脏器组织和主宰精神活动的作用，是生命的根本。六腑的主要功能是消化水谷与传导津液糟粕。《内经》还分别阐述了人体各脏腑、组织、器官各自不同的功能及其相互之间的关系。其基本观点是将人体各部分作为有机联系的整体，所重视的是这些功能之间的序列关系和结构联系，不是某些孤立器官、部分的实体情况。它指出，这种相互联系的关系，是以五脏为中心，通过经络的作用而实现的。例如，心主神明、主血脉、合小肠，是人体生命活动的枢纽。肝藏血、合胆，具有调节血液的功能，血液荣枯可以在人体爪甲间得到反映；肝还开窍于目，肝血充足，视力就可充沛。脾统血，主运化，合胃，既具有统摄血液的作用，还可以运化食物精微，输布全身。脾之荣在唇，有无脾病，可以从病患者口唇得到反映。正常者红润丰满，脾运失调者口唇必然苍白少华。肺主气，合大肠，荣于皮毛，表示肺为呼吸脏器，与皮表有密切关系。皮肤受外界冷热刺激就会收缩或松弛，因此肺气虚者易受外界寒冷天气影响，致使皮表受寒生病。肾藏精，主骨髓，合三焦、膀胱。精指水谷精微、人的健康与生殖能力，和肾脏本身精气有很大关系，等等。可见《内经》所讲的人体各部分的广泛联系，体现在生理病理各个方面，即脏腑的功能失常，可以反映于体表；体表组织、器官的病变，可以传导于所属的脏腑。脏腑之间也各因其联系而互有影响。《内经》在长期观察和临床经验基础上所揭示的某些联系，例如肝和胆、肾和膀胱、心和血脉的联系，已为现代科学所证实。其他如心和小肠，肺和大肠，肝和筋、目，肺和皮毛，以及“五气”、“五味”、“五色”与五脏的关系等，经过长期临床实践的检验，也普遍认为具有一定的实际意义。

　　《内经》以人体各部分和人与自然的系统整体观念作为其理论的基本思想，解释复杂的人体生理病理现象，提出了一系列诊断治疗原则和方法。它认为人体的健康、疾病与客观环境有着密切的联系。疾病是由多种因素造成的。如精神、生活状态失常，自然环境气候的剧烈变化，饮食不节，五味失调，醉酒，房事过劳等。一方面明确提出引起疾病的外来因素是“邪气”，同时更重视人体本身对外来致病因素的防御能力，即“正气”的作用。《灵枢。五变》篇写道，风雨寒暑这些自然因素的变化是使人患病的外因，当人的身体不能适应外界气候的异常变化时，就会生病。可是为什么在同样的异常气候条件下，有人得病，有人不得病；有人得这病，有人得那病，是不是异常气候对不同的人有不同的对待呢？不是的。凡是能及时避开异常气候如风邪侵袭的，就不会生病；反之则可能患病。