宇宙万物由气构成，受气化的支配而运动变化，在这一思想基础上，《内经》形成了气和形相互转化的理论。一切事物都经历着“生长壮老已（停止）”的过程。新生的事物不断地生长出来，由小到大，由少到壮；陈旧的事物逐渐衰退，由壮变老，以至凋蔽、死亡。凡有开始，必有终结；凡有生成，必有败毁。有形的物体既然有化生，因而或迟或早都要走向死灭。但是有形物体衰败之后，又会分解，复变为气。所以《内经》说“器散则分之”，“器”就是有形物体，当“器”毁坏之后，并非化为虚无，而是还原为气。形气相互转化，还存在于有形器物的内部。气合成形之后，气化作用仍在器物内部进行。

　　每一个有形体的器物，又形成一个生化作用的世界。形转化为气，气转化为形的过程继续在器物内部进行着。例如人体之中，《素问。经脉别论》说，食物在胃中消化之后，从有形物变化成了精气，然后通过脾脏将水谷所化精微之气运化周身，营养补充各种器官的消耗。这就是一个由形转化为气、再由气转化为有形物体的过程。正如《素问。太阴阳明论》所说的，如果脾脏生病不能运化，那么筋骨肌肉由于得不到水谷精气的营养，就会停止生长，失去机能。可见筋骨肌肉是由气转化而成并得以维持的。

　　任何有形器物在气化作用下，都与外界环境发生一定的联系，表现为某种物质出入交换。而在其内部，气化作用则造成了某些物质的升降运动。正是这种升降出入的运动，使器物必然经历一个“生长壮老已”的过程，最后毁坏，散而为气，重新回到太虚之中。一切有形器物，自始至终存在着升降出入的运动，只有当其分散为气之后，其自身的生化才会停息。但是回到太虚的气，又会发生新的聚合，转化为有形物体。整个宇宙就是这样一个永无休止的、由气化形和由形化气的运动过程。无论何种器物，或人或兽或草或木，还是其他东西，无一例外地都进行着升降出入的气化运动，都处在宇宙整体这个交替进行的形气转化的总过程中。升降出入这四种运动是一切有形之器物都有的，所不同的只是它们进行生化作用的规模有大有小，时间有长有短。四者的运行有一定规律，如能遵循这些规律，器物就能维持正常，延尽天年；否则就会遭灾受害，中途夭折。但对于无形的气而言，它除了转化为有形器物之外，不会再变为别的形态而存在，更不会变为虚无。

　　现代科学证明，自然界的气是有形体有成毁的。《内经》把世界的本原看成气，当然与事实不符。它把世界上的一切变化统统归结为形和气这两种物质形态的转化，也把千姿百态的自然界极端简单化了。但应当肯定的是，《内经》应用气的理论，坚持了世界的物质性和永恒运动的原则，说明了事物之间的普遍联系和相互转化。它所阐述的关于气形互化的学说，不正是物质不灭的规律吗？虽然这或许只是一种思想萌芽，一个天才猜测，但在那样遥远的时代，就建构起这样一种宇宙论，不能不说是一个伟大的成就！《内经》正是在唯物主义的立场上，建立起了祖国医学的基础理论。

　　阴阳——朴素的辩证法《内经》认为元气归根到底分为阴气和阳气两大类。

　　阴阳学说是《内经》医学和哲学的理论基础。它指出，懂得了阴阳之理就可以解除迷惑，明察一切。所以阴阳在《内经》的理论体系中占有极重要的地位，是理解《内经》的一把钥匙。

　　《内经》中的阴阳并不代表某一种具体的固定事物。《灵枢。阴阳系日月》篇说：“夫阴阳者，有名而无形。”表明阴阳不是指有形物体，而是一对抽象的说明事物性态的范畴。《内经》认为，宇宙间无论有形的物体或是无形的太虚、无论遥远的天体或是大地上的物类，它们的运动变化都是在两种对立势力的相互作用下发生的。天与地，寒与热，昼与夜，阴与晴，明与暗，日与月，动与静，水与火，表与里，上与下，生与死，等等，都是一些日常生活中常见的矛盾现象。

　　整个世界就是由这样一些矛盾着的事物构成的。相互对立的事物尽管千差万别，但它们有着共同的特点，就是对立的双方在性态上总表现为两类特定的相反趋向：一类趋向明亮、活跃、向前、向上、温热、充实、外露、伸张、扩散、开放等；另一类趋向是暗晦、沉静、向后、向下、寒凉、虚空、内藏、屈缩、凝聚、闭合等。前一类性态称为阳，反一类性态称为阴。可见阴阳的意义，一是代表两种对立的特定属性，二是表示两种对立的特定形态或运动趋向。《内经》认为可以用水和火的特性来分别代表阴和阳。火炎热、升腾、活跃，集中代表了阳性特征。

　　水寒冷、沉静、润下，恰好表现出阴质的本性。可见《内经》所讲的阴阳不是主观虚构，也决无神秘色彩，它是对客观世界存在的许多矛盾现象的直观概括。

　　《内经》认为阴阳矛盾是普遍存在的，自然界中的一切事物都包含着阴和阳两个方面。例如天为阳，地为阴；火为阳，水为阴；气为阳，血为阴；动为阳，静为阴等等。在人体结构方面，人体的上部属阳，下部属阴；体表属阳，体内属阴；体内的脏腑中，六腑属阳，五脏属阴；五脏之中，心肺属阳，肝脾属阴。每一个脏腑又有阴阳之分，如心阳心阴，肾阳肾阴等等。阴阳矛盾不仅无处不存，无时不在，贯串一切事物的始终，而且是决定事物发生、发展和灭亡的根源。事物的性状处处可以用阴阳来认识分析，如诊断病情时，要察色按脉，先别阴阳。脉诊中，以浮、数、大、滑、实为阳，沉、迟、细、涩、虚为阴；望诊中，以色泽鲜明者属阳，晦暗者属阴等。