时隔不久，嘉靖初年又施行一次大规模的廷杖。事情的起因是，武宗朱厚照驾崩，他没有儿子可以继承帝位，于是由皇太后张氏做主，将孝宗朱佑樘的弟弟兴献王朱佑杬的儿子朱厚熜过继给孝宗，作为嗣子，这样他就算是武宗的弟弟，可以继承帝位。朱厚熜就是世宗嘉靖皇帝。他即位后本来应该承认孝宗为父，而应称自己的父母为“本生父母”，但是他登极后的第一件事，就是下旨免去“本生”的称呼，并给亲生父亲追加皇帝的谥号。他的意思显然是不愿意再做孝宗的嗣子，这和当初皇太后让他继位时的说法相矛盾。因此，群臣舆论哗然而起，认为世宗的做法不合大礼。于是，以尚书金献民、侍郎何孟春为首，共计二百二十九位朝臣，一起跪在左顺门进谏，劝皇上改变主意。这就是明史上着名的“议大礼”事件。世宗知道之后，命令司礼监太监传旨，让进谏的群臣退下，群臣说，一定要得到圣谕才能退。从早晨到中午，世宗两次传旨，众官仍然跪着不起来。世宗龙颜大怒，命令锦衣校尉把为首者逮捕。修撰杨慎、检讨王元正等人用力摇晃左顺门的门扇，放声大哭。世宗更加恼怒，又命令把四品以下的朝臣马理、王相、毛玉、张曰韬等一百三十四人拘禁，五天后将其中的十六人在午门施行廷杖。再过四天，又将修撰杨慎等七人再杖一次。被朝廷杖的一百三十四人中共打死十七人。

　　“议大礼”风波之后，世宗仍然不断使用廷杖。嘉靖中期，宣大统督翟鹏、蓟州巡抚朱方、大同巡抚陈耀等文武重臣都受过廷杖，其中朱方、陈耀等人死于杖下。嘉靖十二年（1533），郭君弼上书言星变事，触怒世宗，被逮送锦衣卫狱，用夹棍、拶指拷逼近百次之后，又拉到午门施行廷杖，打得两腿露出白骨。嘉靖十三年（1534）世宗派武定侯郭勋到太庙祭祀，给事中张选上疏进谏，世宗不悦，命令将张选押到午门，杖八十。世宗亲自坐阵于文华殿监杖，每一个校尉行刑完毕，都必须把已打的数目报告给他，行刑用的竹杖都打断了三根。打完之后，张选已经气绝身亡。世宗叫人把张选拖走，仍然余怒未息。张选的尸体抬到家中，家里人给他灌药，又慢慢醒转过来。对这些朝廷大臣，世宗尚且如此刻毒，职位较低的官员遭受廷杖之刑的就更多了。审理李福达一案时，张璁、桂萼倚仗武定侯郭勋的权势，杖黜朝士四十余人，其中也有被杖死者。

　　嘉靖以后，直至明末，廷杖未断。隆庆二年（1568），穆宗朱载垕廷杖给事中石星，杖后将他削职为民。万历时的廷杖，除了前面叙述的因谏“江陵夺情”而受杖的吴中行等人之外，万历十四年（1586）又杖礼部侍郎卢洪春，十六年（1588）杖给事中李沂，二十年（1592）杖给事中孟养浩，二十八年（1600）杖给事中王德完。孟养浩和王德完都各杖一百，创明代廷杖数目的最高纪录。天启年间，魏忠贤专政时，廷杖和其他酷刑并用，更惨于往代。天启四年（1624），屯田郎中万燝上疏弹劾魏忠贤，魏忠贤指使一群太监到万府抓住万燝，拳脚交加，一阵痛打，拉到午门时已经体无完肤，魏忠贤仍然命令将他杖一百。打完之后，那群太监又在万燝身上乱踩乱跺一气，万燝被整得血肉模糊，第四天死去。当时的阁臣叶向高曾建议废止廷杖，魏忠贤表面上接受了，但他把需要惩治的朝臣都交镇抚司处理。这镇抚司是人间的活地狱，百刑俱全，来到这里的犯官遭遇就更惨了。（参见本书《拷讯》）

　　崇祯时，明毅宗朱由检仍不愿丢弃祖宗的法宝——廷杖，而且常常亲自指挥太监和锦衣校尉拷打朝臣。崇祯十三年（1640），名臣黄道周被锦衣校尉逮捕，就受了廷杖，姚雪垠的长篇小说《李自成》中有详细的描述。崇祯十六年（1643），宜兴人吴昌时被蒋拱宸弹劾，毅宗在朝堂亲自审问，吴昌时辩驳不已，毅宗动怒，吩咐用刑。阁臣蒋德璟、魏藻德当时在场，为吴昌时讲情，说：“在金銮殿上用刑，是大明朝三百年来没有发生过的事。”毅宗说：“吴昌时这厮，也是三百年来没有见过的恶人。”于是命令太监动手。先用夹棍，吴昌时的两条腿都被夹断，昏死过去，无法站立，一名校尉把他背出朝堂。蒋拱宸也因事触怒了毅宗，毅宗高坐金殿，喝声“打”，行刑的校尉立即对蒋当头一杖，一下子把纱帽打成两半。可见，这时的廷杖已是不分场合、不讲方式了。

　　崇祯十七年（1644）春，明朝灭亡前夕，毅宗还在滥用酷刑。熊开元和姜埰二人都因直言进谏，得罪毅宗，被逮受审。熊开元先受拶刑，再受杖刑一百，又被夹一次，再打五十棍，这已经被整得只剩一口气儿；两天后又来一次，打五十棍，再剥光衣服打四十棍。这样多次折腾，熊开元竟然没有死，也算是奇迹了。姜埰在午门被廷杖，趴在地上，脸朝下，尘埃满口，两只脚也被绑起来，由人四面牵扯，丝毫不能动，只露出屁股和大腿受杖，杖被打折了好几根。打完后，姜埰已不省人事，他的弟弟姜垓当时也在朝做官，前来救护，采用流行的秘方，含一口人尿，嘴对嘴地喂给哥哥，姜埰才醒过来。有个医生来为姜埰治伤，他说：“杖伤的青痕已经到了膝盖以下，恐怕是没救了。我用刀把烂肉割去，敷上药试一试，七天后如果感觉到疼，就有治好的希望。”后来过了半个月，先割除的烂肉约有一斗，身体才逐渐复原。姜埰受廷杖后，于崇祯十七年三月被勒令谪戍宣城，还没有来得及动身，三月十九日北京就被李自成攻破了。盛行于明代的廷杖，确实伴随了明朝的始终。

　　明代除廷杖之外，还有一种名目叫“门杖”。清初王士祯《居易录》记载说，崇祯末年，浙江有个叫祝渊的举人，到京师上疏营救黄道周，毅宗传旨，让校尉对祝渊施行门杖。祝渊谈笑解衣，毫无恐惧的表情。监杖的太监说：“真是一个奇男子！”让校尉从轻行杖，结果祝渊未受重伤。俞樾《茶香室续钞》卷九“门杖”一节引述了王士祯的话并加按语说：“世知明代有廷杖，罕知有门杖。”但是，门杖在施刑时与廷杖究竟有哪些异同？是否因为廷杖在午门执行而又叫门杖？这些问题，尚待进一步考证。