明崇祯帝共有七个儿子，其中四个早殇，至明亡时，仅存周皇后所生太子慈烺、定王慈灿（或作慈炯）和田妃所生永王慈炤（或作慈焕）。崇祯临死之前，命令后妃等自尽，又亲手斩杀女儿昭仁公主，之后让三子出宫逃生。经过国变时的动乱，三子下落不明。但到后来，崇祯三子又不断反复出现，难辨真假。南明弘光和顺治、康熙三朝都为崇祯太子案，杀戮株连了许多人。这一风波，直到康熙四十七年（1780年）才平息。

　　

　　顺治元年（1644年）十二月，一个男青年自称是崇祯太子，来到北京城内原周皇后之父周奎家。周奎开始相认，后来觉得事关重大，不敢隐瞒，就向清朝当局报告。于是朝廷派人将此太子带去，召集有关大臣和原来明官中内监审查。刑部主事钱凤览和御史赵开心等人认为太子是真的，而旧侍讲谢升等人以为假。摄政王多尔衮亲自审问，又经法司复勘，断定此太子为假冒，将其处死，同时被杀者有钱凤览等15人。

　　

　　与北京出现崇祯太子几乎同时，南京亦有一少年自称为崇祯太子。福王召集马土英等大臣对他进行盘问。此人从容讲述故宫之事，并能叫出询问他的有些大臣的名字，从北京逃到江南的原宫中小内监也认为是真太子。而左御史杨维垣认为他是驸马王昺之侄孙王之明所假冒，少年反问说：“为何不叫我明之王？”诸大臣对他进行刑讯，少年坚不改口。南明在外地的一些将领得知此事，纷纷上疏要求保全“太子”，左良玉发起兵变欲攻打南京，据说也是为了拥立此太子。福王为了自己已得的帝位，坚决不认太子为真，有言太子为真者皆处死。不久，清兵攻下南京，豫王多铎把这个太子带回北京，之后不知所终，很可能也被清廷杀害。

　　

　　清初汪钝翁《尧峰文钞》中有《书张缙始未》一文，记载了这样一件事：顺治十六年六月，有一个男子戴缨笠、着汗裤，骑马经过河南柘城，与旅店主人发生纠纷，被当地居民扭住，从其囊中搜出一枚铜印，并将他送至县官处。此男子在县衙立而不跪，自云是明崇祯第四子朱慈英，母是周皇后，并说出他自当初离开宫中之后的生活经历。县官大惊，将他送至巡抚处，巡抚又将他送至北京，朝廷命兵部查勘，很快得结论说：此男子姓张名缙，浙江金华府人，假冒崇祯太子，应当处死。

　　

　　《清宗室王公传》记载，康熙十二年（1673年）冬，吴三桂在云南起兵反清的消息传到北京，京中有一个人自称是崇祯三太子朱慈璊纠集一帮党徒于京城内外举火作乱，但很快就被清政府擒获于鼓楼西街及灯市口等处。同时，又有一人自称是崇祯太子朱慈灿，在两广一带联络人员，欲招兵响应吴三桂。康熙十八年十二月，清安亲王岳乐在湖南新化县僧寺中将此朱慈灿擒获，械送京师。清廷将他与前所捕朱慈璊对质，二人并不相识，于是皆被凌迟处死。康熙十九年秋，又有一人自称是朱慈璊，在陕西煽动叛乱，被清军擒获于汉中三河口，也被械送京师，磔于市。

　　

　　据《东华录》记载，自康熙十二年以后清廷破获的谋反大案，许多次都有朱三太子牵连在内，这里不一一列举。除上两起外，再举出一次重要的大案是：康熙四十七年，浙江大岚山一带有人聚众谋反抗清，被镇压后，其首领张念一供出他们所拥戴的人物是朱三太子朱慈焕。于是清朝官员循迹缉捕，很快拿获了在山东汶上县一个退职县令李朋来家教书的王老先生及其子王孟发与另一子张珽. 清政府派户部侍郎穆丹前往浙江查处此案。审问时，75岁的王老先生承认自己是崇祯第四子，名慈焕。几十年来东躲西藏，在浙江时化名王士元，到山东化名张用观。王孟发是其长子，原名朱和兟，张珽是其第四子，原名朱和壬。此时王老先生家属在浙江湖州府长兴县，闻知事发，一妻一妾及三个女儿皆投缳自尽。清官兵拿获了他的四个儿子，和王老先生一起解赴京师。是年六月，清政府九卿议决，说崇祯第四子早已身故，此系假冒，拟定将朱三（即王士元）等29人凌迟处死，朱三之子王孟发等42人俱拟立斩。此案被牵连的李朋来（即李方远）被流放宁古塔，他后来写了《张先生传》一篇（见魏声和《鸡林旧闻录》），记述了他所了解的朱三太子的始末。

　　

　　清初60年间多次出现的崇祯太子，哪为真，哪一人为假，实难考证清楚，清朝当局是异族统治者，他们深知崇祯太子的存在对于眷念明朝故国的汉民族有一种维系人心的作用和一定的号召力，而对清朝的统治则是一种潜在的隐患。因此，他们一旦发现崇祯太子的踪影，不论真假皆指为假冒并加以剪除。有关记载也多有相互矛盾和差异之处，使崇祯太子的真假问题变得非常复杂。近代学者孟森着《烈皇殉国后纪》一篇，列举了大量丰富的史料对崇祯太子的来龙去脉作了详细考证，然而有些问题依然置疑，后人对此有兴趣者还可继续探讨。