霍金跟母亲关系很好，其母住在莎士比亚的故乡斯特拉特福，霍金经常去探望她。霍金还跟自己的女儿合着了几本宇宙探险的科普书，他女儿已成为着名作家。

　　

　　简的出现对霍金来说是生命中的一个重要转折点，她跟霍金一起面对病魔，令霍金摆脱绝望，并让他重新获得对生活和工作的信心。

　　

　　1965年，简（Jane）义无反顾地嫁给了霍金。简恩服侍、照顾霍金25年之久，一天24小时、一周七天看护他，推着轮椅带他到各地旅行，还要照顾几个孩子、操持其它家务。25年的时间，她看着他从默默无闻的研究生变成“世界上最伟大的科学家”。

　　

　　霍金与其第一任妻子 简 怀尔德

　　

　　1990年，霍金与妻子简离婚。对于两人最终分手的原因，媒体曾有不同的猜测，而按照英国人迈克尔·怀特和约翰·葛瑞本合着的《霍金传》的说法，他们离婚的最主要原因，还是跟霍金的科学研究有关。因为他的研究，霍金从早期的不可知论者变成了一名极端的无神论者，他以自己的无边界理论完全排除了上帝的概念。然而，简却是一名虔诚的教徒，上帝是她的精神支柱之一，正是有这样的信仰才让简在这20多年间肩负起了照顾霍金的重担。但也有一种说法是霍金跟自己的一个女护士伊莱恩走得越来越近，从而冷落了简，这名女护士后来成了霍金的第二任妻子。

　　

　　霍金和其第二任妻子

　　

　　1995年迎娶私人看护伊莱恩（Elaine Mason）。2004年初，英国有媒体指霍金遭到第二任妻子虐打，消息轰动全球。2004年1月，霍金透过剑桥大学两度发表声明，指责有关消息失实，并表示“我全心坚决驳斥说我遭到虐待的说法。媒体的报道纯属虚构，有人散播这样不实的消息，令我感到失望。”简（Jane）写有《霍金：前妻回忆录》（上）（下）。

　　

　　然而，外界传出霍金身上出现多处神秘伤痕，手腕骨折，脸部和嘴唇有很深的切口，同年3月，英国警方正式向霍金问询，了解有关情况，并查问部分霍金前护士索取资料，但由于霍金并未合作，英国警方最终未能起诉任何人。

　　

　　早在2000年，警方亦曾对霍金的意外受伤感到怀疑，但霍金当时拒绝配合，令调查终止。霍金的女儿露西·霍金在访问中曾说，约2000年已发现父亲身上有伤痕，但是父亲说是他不小心自己弄伤的，她未有在意。

　　

　　2006年10月19日，64岁的斯蒂芬·霍金正在与第二任妻子伊莱恩办理离婚手续，他们已经共同生活了11年，至今未娶。