康熙皇帝除掉鳌拜以后，开始考虑一件大事，就是要削平“三藩”。他把这件事写成字条，挂在宫里的柱子上，每逢抬头看见字条，他都要沉思片刻，心里想着：怎么处理才妥当呢？
    “藩”指的是封建王朝的属地。“三藩”指的是当时驻守在云南、贵州的平西王吴三桂、驻守在福建的靖南王耿精忠和驻守在广东的平南王尚可喜这三个藩王。他们原先是明朝镇守辽东的边将，后来先后投降了清朝，充当引路人。领着清兵开进中原。他们攻打李自成、张献忠的农民军，招降汉放地主。一路打到云南、贵州、广东、广西，起着开路先锋的作用。顺治皇帝封他们为王，给予优厚的待遇。可是后来，“藩”的势力越来越大，以至难以控制，成了朝廷的威胁了。
    “三藩”当中数吴三桂的地位最高，他被封为“和硕”亲王，平西大将军，管辖着云南、贵州，是那里的“土皇帝”，那两个省的大小官吏由他任免，税收一律供他使用，朝廷不能过问。朝廷每年还要从其他各省的税收中再拨给他白银两千万两。相当于国家总收入的一半还多。吴三桂把南明桂王的宫殿做为王府，又私自将明朝云南军阀黔国公的七百顷庄田据为藩庄。为了巩固权力，他加紧操练军队，采买大批军械马匹，还给手下将校的儿子和地方权贵们的子弟讲授兵法，培养年轻的军官。吴三桂是个老奸巨猾的人，他怕朝廷对自己不放心，就经常在少数民族地区挑起战争，借以表示边疆多事，少不了他。为了掩人耳目，他花重金从苏州买回四十个十五岁的歌童舞女，自己每天和文人墨客饮酒赋诗，观看歌舞，寻欢作乐。尚可喜在广东、耿精忠在福建也都专横跋扈，各自为政。只不过他们的地位和权势都比不上吴三桂。
    正因为这样，康熙皇帝亲政以后，便把处理“三藩”的问题时挂在心上。面对柱子上的字条，他一次又一次地思考着：“‘三藩’的气焰一天比一天嚣张，要想长治久安，非撤藩不可！”他打定了主意，先从吴三桂下手。
    有一天，管理皇帝私人事务的内大臣去看望吴三桂的儿子吴应熊。吴应熊娶了皇太极的第十四个女儿为妻，正做为额驸（就是驸马）住在北京。谈话当中，内大臣开玩笑似地对吴应熊说：“当初朝廷赐给平西王大将军印信是因为西南边疆有战事，现在全国平定了，怎么还不上缴大将军印呢？”吴应熊马上意识到，这一定是皇帝的意思，连夜派人前往昆明，告诉吴三桂。吴三桂没有办法，只好上缴了平西大将军印。不久，康熙皇帝又派人对吴三桂说：“您年纪大了，又有眼疾，不能过于操劳。云南、贵州事务让地方官去管理吧！”后来，朝廷又借口兵多饷少，裁减了“三藩”手下兵卒。吴三桂见朝廷一再限制他，江青肚子不高兴，便做了有朝一日反叛朝廷的准备。
    康熙十二年（公元一六七三年），平南王尚可喜请求回辽东老家养老，让儿子尚之信继承爵位。康熙皇帝正求之不得，立刻同意他回家，可不准他儿子接替爵位，吴应熊在北京听到风声，又派人把消息送到昆明。吴三桂马上把谋士们找来商量。他无可奈何地说：“尚可喜提出撤藩，我不提就不好了，所以也准备请求撤藩，试探一下。”一个谋士不同意，劝他说：“近来，皇上正找碴整您，您千万不能像平南王那样请求撤藩。”吴三桂冷笑着说：“我身经百战，手下猛将如云，不比尚可喜。皇上还年轻，他肯定不敢碰我。”于是，他写下了请求撤藩了奏折，派人送到北京。耿精忠听到风声，也连忙上了奏折，请求撤藩。
    奏折送到了朝廷，文武大臣议论纷纷，有些大臣平日受了吴三桂的贿赂，这时候便站出来为他说话，对康熙皇帝说：“平西王镇守云贵边远地区，一旦撤出，边疆空虚，对国家不利。况且他家人口众多，迁移途中，定会骚扰百姓。还是不撤为好。”有些大臣只图维持现状，怕得罪吴三桂，也附和着反对撤藩。只有兵部尚书明珠等少数人主张撤藩，他们说：“‘三藩’准备谋反已经十分明显，不撤藩，国家永远不会安宁。”两派大臣各不相让，在朝廷上争吵起来。康熙皇帝默默地听着，猛然间打断大家的争论，斩钉截铁地说：“撤藩他们要谋反，不撤藩他们也要谋反，迟早要谋反，不如我们先发制人。”于是，他下令撤藩，并且派大臣到云南、福建、广东进行监督。
     吴三桂没想到康熙真会同意他的请求。他好像输了钱的赌徒，又急又恨，决定起兵对抗。他换上了明朝孝服，把军队带到了永历帝（就是桂王）的墓前，他当众跪下，一边拿酒浇地，一边磕头如捣蒜。他嚎啕大哭，器得上气不接下气，趴在地上，怎么也不起来。这一哭，把军士们的眼泪也引了出来，都跟着哭了，全军上下，一片哀声。
    吴三桂这个汉奸，过去亲自率兵绞杀了永历帝父子，现在却又来假惺惺地哭陵。实际是为了试探军心。他见军士们也跟着大哭，觉得人心是向着他的，不由得心中暗暗高兴。就在这一年，吴三桂把出“复明讨清”的旗号，统率人马向北进军了。福建的耿精忠马上响应。尚可喜的儿子尚之信逼死了父亲，也从广东起兵。驻守在贵州、广西、四川、湖南、湖北的汉族军阀纷纷攻城掠地，响应吴三桂。吴三桂一路顺风，没有经过多少战斗，就到达了湖南，只用了几个月的功夫，他的军队轻而易举地占据了南方六省。
    “三藩”叛乱，江南失守的消息传到北京，朝廷上一片混乱。
    “杀了要撤藩的大臣，赶快求和吧！”
    “吴三桂兵力强大，不如以长江为界，分疆而治！”
    这样的议论在康熙皇帝的耳边不断响起，干扰着他的决心。但是，他再次做出决断：派八旗军全力讨伐吴三桂，坚决镇压！
    对耿精忠、尚之信，康熙皇帝则软硬兼施。他一方面派他们住在北京的兄弟前往福建和广东进行劝说，一再保证既往不咎，另一方面，又派八旗军去攻打他们，把他们逼得走投无路。这种各个击破的办法果然奏效，不久，这两路叛军都投降了。