柔然的强盛，本来是靠高车部落的依附，一旦高车挣脱统治，柔然汗国的势力，便骤然削弱，可汗大檀以部落衰弱，恚恨发病而死。此后，拓跋焘在太平真君四年（443）和十年（449）又两次亲征，击败柔然，使柔然怖威北窜，不敢复南，消除了北部边境的威胁。

    击败柔然后，拓跋焘整顿了北边的镇戍。北魏在北部边境设置镇戍，起于道武帝拓跋圭时，其时，拓跋族正步入中原，为免除柔然入侵带来的后顾之忧，在边境地区设置镇戍，配备镇兵御边。明元帝拓跋嗣时，又进一步增设镇戍，在西起五原（今内蒙古包头西北）、东至赤城（今河北赤城），绵延二千多里的边境上筑长城，配置镇戍。拓跋焘在征服柔然后，对北边镇戍加以完善，使之制度化，西暨五原、东至濡源（今河北东北部滦河），三千多里的边境上，分设六镇，徙柔然、高车降附之民居之，各镇设置府司，增置吏员。不久，又诏令数有战功，兼悉北境地形的来大千巡抚六镇，经略布置。这样，就使原来仅仅为了御边而设置的镇戍成为边境一级地方政权，兼理军民政务。此后，这一套镇戍制度便相沿传至北魏末，直到六镇起义后，才改镇为州。