项羽死后，刘邦称帝，史称汉高祖。因樊哙坚守作战有功再增加食邑八百户。西汉初年，异姓诸侯王反叛不断，樊哙成为征讨叛军的主将。先攻打反叛的燕王臧荼，俘臧荼，平定了燕地；楚王韩信反，樊哙随高帝到陈，活捉楚王韩信，平定楚地。更赐爵为列侯。以舞阳为食邑，号舞阳侯；又以将军名义跟随高帝讨伐了韩王信，斩韩王信，与绛侯周勃等共同平定了代地，因功再增加食邑一千五百户；因击退陈稀、曼丘臣军，战襄国，破柏人，先登，收取赵地清河﹑常山等共二十七县，被提升为左丞相。所部败陈稀的胡人骑兵于横谷，斩将军赵既，虏获代丞相冯梁、郡守孙奋、大将王黄等十人。与诸将共同平定代地乡邑七十三个。

　　

　　前195年(高祖十二年)又以相国职率兵击燕王卢绾，平定燕地十八县，五十一个乡邑。高帝把他的封邑增至五千四百户。总计樊哙战功：跟随高祖作战，斩首一百七十六个级，俘虏二百八十八人；自己单独领兵作战，打败七支军队，攻下五个城邑，平定六个郡，五十二县。虏获丞相一人，将军十二人，将官十一人。樊哙成为汉朝从创立到稳定的重要将领。

　　

　　樊哙一直跟随刘邦左右，是刘邦的爱将。后来娶吕后妹吕嬃为妻，生有一子樊伉，因此与皇帝的关系就更加密切了。

　　

　　当初英布造反时，高祖病重，讨厌见人，诏令守宫侍卫，不准大臣人见，群臣中就连周勃、灌婴都不敢人内。十几天后，樊哙终于忍不住，带领群臣推门径直闯进宫中。高祖这时正枕着一个宦官睡卧，樊哙见到高帝痛哭流涕地说：“一开始陛下和我们一起在丰沛起兵，立志定天下，那时的信念是多么壮烈啊！现在天下已经平定，陛下又是多么的疲惫啊！陛下病很重，大臣们都极度担忧，胆必下不见臣等商议国事，难道就像一个宦官绝种了么？难道陛下不知道赵高那点事吗”说得高祖笑着起来了。

　　

　　公元前195年，高祖刘邦击败叛军英布归来，创伤发作病倒。刚回到长安，又听说燕王卢绾叛变，就派樊哙以相国的身份率军去讨伐。樊哙走后，有人对高祖说：“樊哙跟吕后串通一气，想等皇上百年之后图谋不轨。皇上不能不早加提防。”高祖对吕后干预朝政，早已不满，现在听说吕后又跟她妹夫樊哙串通一气，立时觉得情况严重了，他决意临阵换将，与陈平计议此事，最后，采用陈平的计谋，以陈平的名义前往樊哙军中传诏，在车中暗载大将周勃，等到了军营里，才宣布立斩樊哙，由周勃夺印代替。高祖要陈平尽快地把樊哙的头取来，让他检验。

　　

　　陈平、周勃当即动身，在途中边走边细心合计。陈平说：“樊哙是皇帝的老部下，劳苦功高。况且他又是吕后的妹夫，可以说是皇亲国戚，位高爵显。眼下，皇帝正在气头上，万一他后悔了，我们怎么办？再说皇帝病得这么厉害，再加上樊哙是吕后的妹夫，她们姐妹二人必然会在皇帝身旁搬弄是非，到那时难免会归罪于咱们两人。”周勃一时没有了主张，便问：“难道把樊哙放了？”陈平说：“放是不能放的，咱们不如把他绑上囚车，送到长安，或杀或免，让皇上自己决定。”周勃也认为这是个好主意。

　　

　　到了樊哙的军营前，陈平命人筑起一座高台，作为传旨的地方，另外又派人持节（一种信符）去叫樊哙。樊哙得知只有文官陈平一个人前来，认为只是传达平常的敕令，也没多想，立即一个人骑马赶来接诏。不料，台后忽然转出武将周勃，当即将樊哙拿下，钉入囚车。周勃又立即赶到中军大帐，代替樊哙，由陈平押解囚车返回长安。

　　

　　当走到半路，陈平忽然听说刘邦病故。他想：现在朝中必然由吕后主持政事，这可糟了。唯一可喜的是，幸亏先前未斩樊哙，还好向吕后交待。可即便如此，也怕夜长梦多，会有人在吕后面前说他的坏话，一定要先赶到长安，把自己的事解释清楚。他立即策马赶往长安，路上遇到使者传诏，让他屯戍荥阳。于是，他又生一计，跌跌撞撞地跑入宫中，跪倒在汉高祖的灵前，放声大哭，边哭边说：“您让我就地斩决樊哙，我不敢轻易处置大臣，现在已经把樊哙押解回来了。”这明明是说给活人听的，是在向吕后表功。吕后姐妹听说樊哙没死，都松了一口气。遂释放了樊哙，并恢复了他的爵位和封邑。

　　

　　公元前189年（孝惠六年），樊哙逝世，谥为武侯。