中国东北的哈尔滨地区爆发肺鼠疫。到1911年春季，死亡人数已达到45000至60000人之间。在肺鼠疫感染者中，几乎没有几个人幸存下来。这场大瘟疫是731部队制造的无法用语言形容的噩梦之前我国东北地区遭受的最恐怖的灾难。
　　
　　瘟疫爆发后，疫区一座寺庙的庭院里建起了一个简易医院，只有3个房间，用于收容感染者。庭院的墙壁上满是鲜血和唾液，患者并排躺在木架上，不停咳嗽，同时忍受着寒冷的折磨。绝大多数患者最后离开人世。临时建起的医院环境极为恶劣，没有自来水和煤气，治疗水平也很差。医院方面能够做的就是为患者提供食物和水，维持他们的生命。很快，很多患者便离开人世。到疫情结束时，几乎没有几个人活着走出医院。
　　
　　哈尔滨大瘟疫是继14世纪席卷欧洲的黑死病之后规模最大的肺鼠疫。此前的瘟疫由腺鼠疫和肺鼠疫导致，哈尔滨大瘟疫的罪魁祸首就只有肺鼠疫。虽然都由同样的细菌所致，肺鼠疫与腺鼠疫相比更为罕见，同时危害更大。它是肺部感染的一种极端形式，感染24小时内就会发病，即使到了今天也没有治愈手段。肺鼠疫在任何环境下都具有致命性，哈尔滨瘟疫是有记录以来最具破坏性的一次肺鼠疫疫情。
　　
　　哈尔滨大瘟疫的具体源头仍旧是一个谜，人们认为最有可能的元凶是土拨鼠。这种小型动物据信携带致命疾病。在1911年之前，蒙古人和其他游牧部落就已在捕杀土拨鼠。但在捕杀这种体型与猫差不多的啮齿动物时，他们严格遵循着古老的原则，坚决不会捕杀看上去患病的土拨鼠。如果在一个地区发现这种土拨鼠，当地所有人都会搬离。
　　
　　1911年，对土拨鼠皮的需求增加以及中国政府对移民规定放宽导致经验丰富的土拨鼠猎人大量涌入这一地区。新来的猎人并不遵循土着部落的原则，对土拨鼠采取“格杀勿论”政策。不久后，他们便因与这种啮齿类动物感染瘟疫，疫情随后迅速蔓延。
　　
　　土拨鼠猎人感染瘟疫后，瘟疫通过新建的铁路蔓延到整个哈尔滨。当时的火车十分拥挤，有利于空气传染病的蔓延。瘟疫随着被感染的乘客登上火车，而后传播到其他地区。这种瘟疫发病很快，有时候感染后几天便会死亡。
　　
　　随着死亡人数的增加，越来越多的尸体无法得到妥善处理。一些死者被放入简陋的棺木中，而后埋入厚厚的积雪下面，其他一些死者则被直接扔进大坑，而后使用炸药引爆焚烧。在疫情爆发初期，尸体并没有进行火化，但很快，火化便成为一种普遍做法。按照传统习俗，中国人普遍不接受火化这种做法。
　　
　　哈尔滨瘟疫之所以危害巨大的一个重要原因在于当地用于应对严重疫情的基础设施薄弱。此外，当地人严重缺乏基本的医疗常识，不知如何照料患者；政府对如何妥善处理死者尸体也是一片茫然。截至1911年1月，仅在哈尔滨，没有安葬的尸体就已超过2000具。面对这种情况，政府被迫对尸体进行火化。首先，工作人员挖一个大坑，将死者和动物的尸体放入坑中，而后放入柴火，浇上易燃液体点燃。