后来，吕氏和宫人鱼氏行为不检点，与宦官私通。朱棣虽有察觉，但却因宠爱吕、鱼二人而未做处置。二人知道隐秘泄漏，惧罪自缢。这一下事情就闹大了。朱棣认为坏事都因吕氏所起，便把吕氏的侍婢都拘来审讯。这些侍婢不胜拷掠，便违心认罪，说是要谋杀朱棣。既然问出了大逆之罪，一场刑杀的大祸就不可避免了，连坐被杀的竟达两千八百人。行刑之日，朱棣亲临刑场监督，要眼看着将她们一一剐死。有的宫人临刑时当面大骂朱棣说：“你自家阳衰，所以人家才和宦官私通，这有什么罪？”朱棣为了惩戒后人，让画工把吕氏与小宦官相抱的情况画下来。但是，他对鱼氏的思念却难以割断，命人将鱼氏葬在寿陵的旁边。

　　

　　这案初发时，朝鲜人嫔妃任氏、郑氏便自缢而死。黄氏、李氏被鞫处斩。黄氏死前援引了很多人。李氏说：“反正都是死，干吗要牵连别人！要死我自己死！”终于不诬一人。这时朝鲜诸女大都被诛杀，只有崔氏在南京而幸免。朱棣曾命南京的宫女北上，崔氏因病未成行。惨杀开始时，韩氏被幽闭在空室，好几天不给饮食。守门宦官可怜她，有时在门口放些吃的，因而没有饿死。但她的从婢却全部被杀了。韩氏的乳母金黑也被囚于狱中，事后才得赦免。

　　

　　就在朱棣滥杀的时候(永乐十九年)，四月初八庚子日夜晚，雷雨交加，奉天、华盖、谨身三大殿被雷击中起火。大火冲天，力救不及。经十余年耗尽民财才修建成的壮丽宫殿，就这样化为灰烬，很多人丧身火海。宫人们却庆幸火灾的发生，以为天降的大火可能会使皇帝的虐杀稍稍收敛。在当时的人们看来，天变是对人事的惩戒。人事有错误，天才震怒降灾。

　　

　　第二天，朱棣下了一道诏书，对上天的惩戒表示自责。

　　

　　朱棣认错反省的态度似乎极为诚恳。到了十三日，朱棣再次下诏，宣布将“见有不便于民及诸不急之务者，悉皆停止，用苏困弊，仰答天心”。然而，后宫的杀戮并未被列入他的反省范围之内，朱棣“恣行诛戮，无异平日” ，并没有停止对宫人的诛戮。先后因二吕之案被杀的竟有三千多人。

　　

　　朱棣如此狂杀滥诛，还有一个原因。朱棣晚年庞爱贵妃王氏。据说王氏有贤德，侍奉皇帝皇后恭谨如一，在宫闱之内肃雍有礼，和蔼仁厚，掌理庶务有条不紊，甚为朱棣所重。朱棣晚年有病，常常发脾气，王贵妃常常从中调护，以免宫人们受到谴责。自皇太子、亲王公主以下都很信赖王氏。朱棣甚至有立王氏为皇后之意。王氏的死，使朱棣痛悼不止，更加重了他的丧心风病。自此以后，朱棣处事更多错谬，用刑也更加残酷了 。

　　

　　朱棣在临死前的几个月还要求朝鲜进献美女，这时朱棣已经是六十五岁的老人了。

　　

　　然而，这些可怜的淑女，不论是何处选来，也不论受宠与否，最后在宫中也难免一死。原来，明朝初年仍然保持着为皇帝殉葬的制度，朱棣死时，被殉葬的宫人有三十余人。即使最受宠爱的韩氏和在吕氏惨案中幸免于难的崔氏亦在其列。殉死那天，要赏她们一顿酒宴，随后，把她们领入大堂，这时大堂上已经安置好了许多小木床。只听得哭声震天，宫人们一个个被强迫站在木床上，把头伸进吊好的绳套中。站在一旁的宦官将床一撤，宫人们便升天了。韩氏死时，呼喊着自己的乳母说：“娘，我去了！娘，我去了！”喊声未绝，床已撤去。虽然殉葬者的家属被称为朝天女户，受到优恤，殉葬者也会得到好听的谥号，并被葬入皇陵，但这又怎能补偿她们被断送的青春和被虐杀的生命！

　　

　　朱棣即位不久，曾自我标榜说：“人心诚不可有好乐，一有好乐泥而不返，则欲必胜理。若心能静虚，事来则应，事去则如明镜止水，自然纯是天理。朕每朝退默坐，未尝不思管束此心为切要，又思为人君，但于宫室车马服食玩好无所增加，则天下自然无事。” 朱棣虽然称不上是个荒淫无度的皇帝，但也绝不是真的清心寡欲，朱棣刚一即位，便下令“求民间识字妇女入内职” 。永乐元年，又命礼部访求在京官员军民之家女子年十五至二十容止端正、性情闲淑者备王妃之选 。他曾命女官蔡氏到杭州选识字妇女入宫，闹得民间骚动。当时有人作诗说：“已云玉闰归马足，更妆金屋贮娥眉。”“临别亲邻莫惆怅，从来生女作门楣。” 朱棣平时吃饭要有宫女伴唱 ，晚年因为身体有病，朝参也要有宫女陪伴搀扶 ，这在整个明朝都是很特殊的。

　　

　　朱棣一共有四个儿子，长子朱高炽便是后来的仁宗皇帝。朱高炽虽为长子，又仁贤，却不为朱棣喜欢。他很胖，因而很笨，走路要人搀扶，还不免失足，当然难以带兵出去打仗了。朱棣最喜欢老二朱高煦。朱高煦被封为汉王，他从小不肯读书 ，为人凶悍，靖难之役中屡立战功，几次救朱棣转危为安。朱棣想立他为太子，却遭到大臣们的反对。大学士解缙的死，黄淮的下狱，就与他们跟朱高炽的关系有牵连。幸亏朱高炽有位聪明伶俐的儿子朱瞻基，很为朱棣所爱，朱高炽的太子地位才得以保住。朱棣死后一年多，朱高煦便起兵造反，想夺取皇位，这时是朱瞻基在位，亲自率兵东征，兵临城下，高煦不战而屈，最后仍未免一死。朱棣的三子朱高燧，封为赵王。四子朱高爔，未封而殇。

　　

　　朱棣的母亲是谁？自明朝以来便众说纷纭。按宗法制说，谁与朱元璋最亲，谁便有资格做皇帝。于是朱棣反复宣称自己“乃父皇太祖高皇帝亲子，母后孝慈高皇后亲生，皇太子亲弟，居众王之上。”这一招确实在他夺取皇位中起了大作用。但人们还是渐渐发现各种官私记载与朱棣所说大不相同，这些记载之间又互不相同。有的说朱棣与周王朱是高皇后所生，而太子及秦王、晋王等都是庶出。有的说朱棣是达妃所生，太子与秦王、晋王则是高皇后所生。有的则说朱棣的生母是妃。还有说朱棣是元顺帝妃洪吉喇氏所生的，或说是元顺帝妃瓮氏所生的，或是说元顺帝的高丽妃所生的。

　　

　　成祖既然说他是皇帝亲子，皇后亲生，他于即位后便无法改口了，生母的姓名、身份被隐瞒起来，应有的礼仪封典也只能给高皇后了。朱棣的生母究竟是谁？明南京《太常寺记》认为是妃，而懿文太子、秦王、晋王，皆李妃所生。这不仅从看守孝陵的阉人口中得到旁证，而且明朝就有人为此专门进入寝殿探寻究竟。殿里的情况果如《太常寺记》所记：在享殿中，太祖朱元璋与皇后马氏座位座北朝南，左淑妃李氏等座东向西，惟妃座西向东。明人尚左，这说明妃除高皇后外地位高于其它妃嫔。原来这是个不可张扬的秘密。朱棣为了自己皇位坐得稳一点，不敢公开承认自己的生母，只好把妃偷偷供奉在这里。明人有诗写道：“成祖重所生，嫔德莫敢齐。一见异千闻，《实录》安可稽？”《实录》关于朱棣是孝慈高皇后(马氏)所生的说法是靠不住的。关于妃，有的野史说她是高丽人。燕王出生后，马皇后养为己子，便将妃赐死了，据说是用铁裙之刑致死的，是否确实，已不得而知了。